强直性脊柱炎到了晚期会出现关节疼痛减轻或不同，而各脊柱段及关节活动受限和畸形，晚期整个脊柱和下肢变成僵硬的弓形，向前屈曲。由于脊椎体的各个关节都被融合，无法活动，脊柱严重变形，这样就会影响脊柱的活动，所以患者就会出现颈部无法转动，无法仰头、低头，颈部固定在一个姿势，腰部也是一样，病人的颈部和腰部完全不能自由活动。
北京广济强直性脊柱炎研究院医生提醒民众，由于脊柱僵硬变形对人体的骨架组织有破坏作用，除了使人变得腰弯背驼之外，更会使骨架变形、行动受阻;而且还会侵犯身体其他器官，引起一系列的并发症。
三成以上的患者有周边关节滑囊炎、关节肿痛积水、体重减轻、贫血、倦怠、心脏异常、眼球葡萄膜炎反应及肺部上叶纤维化等症状。尤须注意的是，约有四分之一的患者会合并急性虹彩炎，并有失明之虞，不可不慎。
心脏病变特征是侵犯主动脉瓣，使主动脉前膜增厚，因纤维化而缩短，但不融合，主动瓣环扩大，有时纤维化可达主动脉基底部下方。偶见心包和心肌纤维化，组织学可见心外膜血管有慢性炎性细胞浸润和动脉内膜炎;主动脉壁中层弹力组织破坏，代之纤维组织，纤维化组织如侵犯房室束，则引起房室传导阻滞。
肺部病变特征是肺组织事斑片状炎症伴圆细胞和成纤维细胞浸润，进而发展至肺泡间纤维化伴玻璃样变。
若延迟治疗，病人还有残疾、瘫痪之虞，甚至生命之忧。而且此症是成年后才形成的躯体残障变形，对患者身心的冲击也是难以估测，不少因此患上抑郁症，但患者和家人千万不可因此灰心而放弃就医，若治疗得当，加上有恒心地做适当的运动，也可减缓或阻止病情发展，病人可以恢复生活自理功能，避免残疾和瘫痪的严重后果。